I tillegg til daglige skift rundt i byen, har Spider-Man hemmelige oppdrag for å kontrollere freden til byfolket. Medlemmer av regjeringen og forskjellige organer. Sikkerhetsrelaterte land. De henvender seg til en superhelt for å få hjelp i spesielt vanskelige og viktige saker, der vanlige mennesker ikke takler det. I spillet Spider-man vs Robot finner du en helt som nettopp utfører et så spesielt oppdrag. Han må infiltrere en hemmelig base der terrorister av global skala har bosatt seg og ødelagt den. Men tilnærmingene til basen er nøye bevoktet, og helten må møte en hel flokk roboter og zombier i Spider-man vs Robot.