I den andre delen av Funny Throat Surgery 2, vil du fortsette å jobbe som tannlege på et sykehus. Pasienter med tannhelse vil komme til timen din. Først av alt må du nøye undersøke munnhulen og diagnostisere pasienten. Etter det vil det vises et kontrollpanel der ulike medisinske instrumenter og medisiner vil være synlige. Ved konsekvent å bruke disse elementene, vil du utføre et sett med handlinger rettet mot å behandle pasienten. Når du er ferdig, vil han være helt frisk, og du vil begynne å behandle andre pasienter.