I en fjern fremtid dukket zombier opp i pikselverdenen etter en serie katastrofer og kriger. Nå jakter horder av levende døde de overlevende menneskene. I Pixel Zombies vil du vokte en av de menneskelige bosetningene. Du må ødelegge horder av zombier som beveger seg i hans retning. Veien vil være synlig på skjermen foran deg. Zombier vil bevege seg langs den i din retning i forskjellige hastigheter. Du må identifisere topprioritetsmålene og begynne å klikke på dem med musen. Dermed vil du slå til zombiene du ønsker og ødelegge dem. For hver fiende du dreper, vil du motta et visst antall poeng.