Ben har et alvorlig problem - Omnitrix er kidnappet, og uten ham anses kampen mot romvesenene som tapt. Imidlertid hjalp venner helten med å finne ut hvor hans unike enhet er, og nå i Ben 10 Super Run Fast må han skynde seg over byen for å hente den. Og romvesenene har allerede dukket opp, og de ser ut som skjeletter som dukker opp rett fra bakken for å gripe noen og dra dem med seg. Hjelp Ben, han løper, og du må klikke på ham når du trenger å hoppe. Samle forskjellige nyttige ting, dingser og bonuser i Ben 10 Super Run Fast for å gjøre oppgaven lettere etter hvert som veien blir vanskeligere.