Jake ba vennene om å slippe ham bort på en av de ubebodde øyene, der, etter hans antakelse, var en skatt av Blackbeard skjult. Men det viste seg at ikke bare helten vår jaktet på gullkister. Så snart skipet hans dro fra kysten og han satte i gang med å lete, ble en annen utfordrer for skatten oppdaget. Det viste seg å være en ond pirat på et treben, der det ble bygget en pistol. Røveren ønsker ikke å dele med noen, han bestemte seg for å bli kvitt konkurrenten og begynte å forfølge fyren. Hjelp helten med å flykte fra den irriterende banditten, og mens du løper, greier du å hoppe over hindringer og unnvike skjell i Jake vs Pirate Run.