Alle har sin egen drøm, og helten i spillet My Rusty Submarine har lenge ønsket å dra på tur i sin egen ubåt. Nylig, i anledning det, klarte han å skaffe seg en gammel nedlagt ubåt fra andre verdenskrig. Han inviterte en venn med seg, som vi også ønsker deg, og la ut. Men båten er veldig gammel, livet er lenge avsluttet og alle mekanismene vil gradvis bli satt av én etter én. Oppgaven til deg og vennen din er å raskt svare på en annen feil og fikse den. Først da vil båten bevege seg og levere til de mest avsidesliggende og uutforskede stedene.