Thomas bor i en liten by og eier sin gård. På den vokser han hvete, dyrer husdyr og selvfølgelig har han en stor hage hvor ulike frukttrær vokser. Om kvelden fjernet han høsten av frukt og bær som ville ta dem til markedet om morgenen. Men her er det trøbbel om morgenen, tyvene kom til ham og stjal hele høsten. Nå i spillet Farmer's Journey må vi forfølge dem. Vår helten bevæpnet med en økse vil løpe langs veien. På den kommer frukten over og på dem vil han kunne avgjøre hvor tyven beveger seg. De vil samle dem. Alle hindringer på veien, han må omgå, hoppe eller hogge med øksen.
