Bjørn Banjo, sammen med sin søster, bor i dybden av skogen. Som en dag våknet vår karakter og fant at hans yngre søster manglet. Nå i spillet Banjo-Kazooie, hjelper vi ham med å finne henne. For hjelp vendte vår karakter til den magiske fuglen Kazue. Etter et magisk ritual fanget hun stien og fløy langs den. Nå kjører helten må løpe etter henne uten å falle bak. Vær forsiktig på måten du får feller, og du kjører helten må tvinge dem til å hoppe over dem. Noen ganger kan du møte forskjellige aggressive monstre, og du må ødelegge dem.