I moderne Japan fortsatt eksisterer i hemmelighet Order of the mystiske ninja kriger. Noen av disse soldatene selv ta bestillinger for drapet på kriminelle som har høye stillinger i regjeringen. Dag i Gun Ninja spillet har vi tenkt å spille for en slik leiesoldat. Han mottok ordren for drapet, og nå trenger han å komme inn i beskyttede eiendom. Deftly passerer gjennom korridorer, hoppe over hull i gulvet og unngå fallgruvene, vil vi gå videre. Vi har selvfølgelig soldatene vil angripe beskyttelse, men vi bruker skytevåpen vil drepe dem alle. Det viktigste å ikke la dem komme nær deg, for da kan de gjøre deg skade deres sverd og din karakter vil bli drept. Men du kan underveis for å samle førstehjelpsutstyr som ville gjøre opp sin levestandard.