Mission Spider-Man slutter ikke på loft eller tak av høye skyskrapere. Hvis det er nødvendig å gå inn i byen, så er dette det kan også gjøres bare ved hjelp av underjordiske gruver, som ligger dypt under bakken. Nå går han på jakt etter Selena, som kidnappet av romvesener, og ble slept under en bro. Å redde offeret fra spillet Spider-Man: Iron Spider, trenger du å finne en jente i mørket underverden. Gå for Spider-Man og bli hans sanne venn og bror i armene.