Fra portaler som dukket opp forskjellige steder på planeten vår, strømmet horder av levende døde ut i vår verden. Nå avhenger verdens skjebne av en gruppe superhelter, som må ødelegge alle zombiene. I Super Heroes vs Zombie vil du bli med dem i denne kampen. I begynnelsen av spillet vil du kunne velge karakteren din og våpenet han vil være bevæpnet med. Etter det vil helten din finne seg i et område der zombier vil være overalt. Din oppgave er å raskt orientere deg for å sikte på dem synet av våpenet ditt og åpne ild for å drepe. Ved å skyte nøyaktig vil du ødelegge zombier, og for hver beseiret fiende vil du få poeng. Etter å ha samlet en viss mengde av dem, kan du kjøpe deg nye typer ammunisjon eller kjøpe andre våpen.