Teamet av skilpadder av ninja har en veldig alvorlig fiende. Han heter Savanti Romero. Denne skurken bygde en tidsmaskin og samler nå monstre fra alle verdener: fortid og fremtid, for å forene dem til en stor, villainous hær. Heltene må forstyrre fiendens planer. For å gjøre dette må de besøke alle steder Romero planlegger å gå, og nøytralisere alle han prøver å vende seg til sin side. Mike, Raphael, Leo og Donald er klare for farlige reiser. Du må velge det første par søkere, de vil bli overført til det gamle Egypt. Der møtes de med onde mumier. Dracula og zombier venter på dem i andre ikke mindre farlige steder av spillet Teenage Mutant Ninja Turtles Monsters Vs Mutants