AtomLinker-spillet kan være kort, eller det kan fortsette i det uendelige. Alt avhenger av din oppmerksomhet og fingerferdighet. Spillefeltet er fylt med firkanter med navn på kjemiske elementer. Koble dem til kjeder med tre eller flere identiske. Til å begynne med vil du få tjuefem sekunders tid til å spille, men hvis du kan lage kjeder med fire eller flere elementer, vil tid legges til. Ikke ta øynene vekk fra spillefeltet for ikke å gå glipp av neste kjede. Etter fjerning av elementer vil flisoppsettet endres i AtomLinker.