Det klassiske digitale Sudoku-puslespillet har blitt fullstendig forvandlet i utseende, selv om det i hovedsak forblir det samme i Brainrot Sudoku-spillet. Tall har erstattet italienske hjernerot-memer. De er plassert i noen celler på spillefeltet. Din oppgave er å fylle de gjenværende ledige cellene. Samtidig skal det ikke være to identiske memer vertikalt og horisontalt. For å velge meme du ønsker, klikk på den horisontale linjen nedenfor og deretter på cellen du vil plassere den i i Brainrot Sudoku.
