Din oppgave i Base Defense 3D er å sørge for sikkerheten til basen, rundt hvilke horder av zombier begynner å samle seg. Hvis du ikke gjør noe, vil horder av vandøde bryte gjennom portene, slå ned veggene og ødelegge alle som gjemmer seg i basen. Det er nødvendig å legge til så mange skytetårn som mulig, og plassere dem rundt hele omkretsen. De vil skyte i automatisk modus. Helten må med jevne mellomrom hoppe utenfor basen for å samle fangede bunter med sedler og bruke dem på å styrke basen i Base Defense 3D.
