Skogen er et sted hvor folk går for å plukke sopp, bær, jakte, kjøpe ved og så videre. Landsbyer i nærheten lever av skogen, og hvis denne inntektskilden forsvinner, lider folk. Det var akkurat det som skjedde i 99 Nights In The Forest- Battle Squads. Ukjente, men onde monstre har dukket opp i skogen og folk kan ikke gå inn i skogen på grunn av faren for å bli spist. Jegerne bestemte seg for å samle en tropp for å kjempe og ødelegge monstrene eller drive dem ut. Hjelp til å danne en tropp og hjelpe dem å beseire monstrene. Etter hvert som kampen skrider frem, velg forskjellige elementer: våpen, beskyttende ammunisjon og så videre i 99 Nights In The Forest- Battle Squads.
