Helten din på Ninja Assassin er en morder Ninja, og han vil gjøre jobben sin med din hjelp. Det består i ødeleggelsen av de som for øyeblikket har blitt hans fiender. Faktisk er oppgaven å rense lagerene. Det forventes et stort angrep på at de skal rane. Vakter vandrer rundt i rommene med esker og opplyser seg med lykter. Hvis ninjaen er i sonen opplyst av lykta, vil vakten se ham og angripe ham. Du bør bli valgt fra den mørke siden og umiddelbart angripe. Hele prosessen er stille slik at andre vakter ikke er på vakt mot Ninja Assassin.
