En fyr ved navn Tom gikk inn på en gammel forlatt skole og befant seg i livsfare. Bestemoren til en galning ved navn bestemor slo seg ned på skolen. Nå i spillet Granny's Classroom Nightmare må du hjelpe fyren med å rømme fra skolen og holde seg i live. Når du kontrollerer karakteren din, må du i hemmelighet bevege deg gjennom skolens lokaler underveis, og samle forskjellige nyttige gjenstander spredt overalt. Bestemor vandrer rundt på skolen, og du må gjemme deg for henne. Hvis hun legger merke til deg, vil hun fange deg og karakteren din vil dø. Så snart helten din forlater skolen, vil du motta poeng i spillet Granny's Classroom Nightmare.