Helten i spillet Counter-Strike: Reboot vil, med din hjelp, delta i tolv oppdrag. Fordi innholdet holdes strengt hemmelig, vil mål bli avslørt når du fullfører det forrige oppdraget. Den første heter Alpha og din oppgave er å avvise angrepet av terrorister som ønsker å fange basen din. På andre oppdrag må du utføre andre oppgaver, for eksempel: frigjøre gisler, ødelegge terrorbaser, rydde miner og så videre. Alle oppdrag er begrenset i tid, du må løse problemer raskt og effektivt i Counter-Strike: Reboot.
