Et bestemt program i personen til en veldig ekte skapning, utad lik en person, ønsker å forlate den digitale matrisen, og grunnen er at den kommer til å bli ødelagt i Matrix Escape. Helten ønsker å finne den såkalte bakdøren, og for å gjøre dette må han bevege seg veldig raskt. Matrisen er bestemt; den vil prøve å kutte av alle stier. Alt du kan stole på vil forsvinne på et øyeblikk, så du kan ikke dvele selv i et brøkdel av et sekund, men hele tiden bevege deg fremover og hoppe fra en blokk til en annen. Du trenger fingerferdighet, smidighet og rask reaksjon i Matrix Escape.
