Frosken i Clumpsy Frogger 2D har ikke noe valg når hjemmedammen hans begynner å bli gravd opp og ryddet for å bli et avlsbasseng for koi. Frosken må lete etter et annet oppholdssted. Det er bra at nærmeste tjern ligger over veien, men det er en endeløs strøm av trafikk som suser langs veien. Og veien følges av en hurtiggående elv, langs hvilken tømmer blir fløt akkurat nå. Frosken må manøvrere mellom biler og deretter hoppe på tømmerstokker, og hvem kan hjelpe ham hvis ikke du i Clumpsy Frogger 2D.
