Frosken bodde i sumpen hans og hadde ingen bekymringer. Dager gikk etter dager, hun fanget mygg, hoppet på pukler, hvilte på et stort vannliljeblad og var bare redd for å møte storker. Men en dag i Frogy Ninja 2D ble froskens rolige liv forstyrret. Ninja-igler dukket opp i deres hjemlige sumper. De er uvanlige og store i størrelse. Ormer angriper ikke, de okkuperer ganske enkelt territorier og innbyggerne må forlate hjemmene sine. Men frosken har ikke tenkt å holde ut. Hun tok også på seg et ninja-pannebånd, og du vil hjelpe heltinnen med å akselerere og slå ned iglene fra stedene der de satt fast. Vær oppmerksom på at når en frosk akselererer, kan den ikke stoppe; bare en vegg eller blokk vil stoppe den. Gullblokker er veldig glatte og umulige å få tak i i Frogy Ninja 2D.
