Romlandingsstyrken i Doom 2D ble sendt til Mars, hvor et kompleks eid av United Space Corporation ligger. Hemmelig forskning på helvete fant sted der. Laboratoriet ble bygget på en portal som en gang ble oppdaget og forskere begynte å studere den og muligheten for å bruke den til fordel for menneskeheten. Til slutt gikk ikke alt som planlagt i det hele tatt. Demoner klatret ut av portalen og angrep kolonistene. Fallskjermjegeren må hente hemmelige forskningsfiler på harddisker og redde de som er i live. Hjelp ham, han må bevege seg rundt i lokalene og kjempe mot demoniske skapninger i Doom 2D.
