En hær av Skibidi-toaletter angrep en stor metropol, og det kom helt overraskende. På ganske lang tid har ingen hørt om disse mutantene. De ble gjentatte ganger beseiret og kastet ut av verden, og til og med hæren ble fjernet fra store byer og omdirigert til militærbaser. Tilsynelatende driver toalettmonstrene etterretning på et veldig høyt nivå, så de sendte jagerflyene sine på et tidspunkt da det ikke var noen til å beskytte befolkningen. Derfor vil du i spillet Skibidi Ninja slå tilbake mot dem. Helten din vil være bevæpnet med et sverd, men han bruker det mesterlig. Foran deg på skjermen vil du se et sted der Skibidi-toaletter vil se ut som beveger seg med forskjellige hastigheter. Du må velge mål og slå dem med ødeleggende slag. Dette kan gjøres ved hjelp av musen. Bare forestill deg hvordan du gir et skjærende slag og sveiper mot toalettmonsteret mens du holder nede venstre knapp. På denne måten vil du kutte Skibidi Toilets i biter og få poeng for dette i Skibidi Ninja-spillet. Vær forsiktig det kan være bomber blant motstanderne dine. Du bør ikke berøre dem under noen omstendigheter. Hvis du berører én bombe, vil en eksplosjon oppstå og du vil tape runden. Du har ikke mange forsøk tilgjengelig for å fullføre oppdraget, så det er viktig å være forsiktig og ikke gjøre feil.
