Kule superhelter må ha verdige fiender, og det har de. Du vil møte en av Batmans svorne fiender i spillet Mr. Fryse. Dette er Mr. Freeze, som en gang var Victor Freese, en vitenskapsmann som utførte dristige eksperimenter med kryogen væske. For hans friheter avviste forskernes verden ham, og da en ulykke skjedde med kona hans, ble Victor fullstendig sint på hele verden. Etter en eksplosjon i laboratoriet skaffet de seg evnen til å fryse alt rundt seg, og da de slo seg sammen med Black Mask og Penguin ble de Batmans fiende. I Batman Versus Mr. Frys vil du hjelpe superhelten med å beseire skurken ved å unngå å fryse og ødelegge isblokkene som monsteret bygger for å fange Batman.
