Mafiaen i Japan kalles Yakuza og er en svært alvorlig kriminell organisasjon som opererer utenfor loven etter egne regler. Trenger hun noe, tar hun det, uavhengig av liv og behov til de som står i veien for dem. Samurai vs Yakuza introduserer deg for en samurai som vil redde landsbyen sin. Bandittene likte henne på grunn av det gamle tempelet som ligger på hennes territorium. I dette tempelet er det flere verdifulle figurer, som lederen av Yakuza ønsket å eie. Helten vår sto i veien for en hel mafiahær og vil med din hjelp avvise angrepet fra svartkledde ranere i Samurai vs Yakuza.
