Får du tak i et våpen må du vite hvordan du bruker det, ellers kan det ende dårlig. Cannon Balls 3D stoler imidlertid på deg med en hel kanon og er ikke redd for at du skal gjøre noe galt. Det som kreves av deg er ikke så mye nøyaktighet som evnen til å tenke logisk og anvende fysikkens lover i praksis. Når det gjelder nøyaktighet, er alt enkelt. Du klikker på stedet du vil rette kanonkulen til, og den vil fly dit. Fysikk er en annen sak. Du må slå alt som er der av plattformen, og antallet kjerner er begrenset. Tenk på hvor det er best å treffe slik at strukturen kollapser så mye som mulig. Hvert nivå har fire undernivåer og enda flere. Etter å ha fullført tre, fjernes grensen for antall kjerner. Du kan bruke bomben hvis den er ladet nok i Cannon Balls 3D.
