Produksjonsfabrikken for animatronics har vært stengt lenge, men et titalls vakter har allerede forsvunnet der og det må gjøres noe med. Det ble besluttet å stenge fabrikken og tette den tett. Men først må du utføre en opprydding og ødelegge restene av animatronikk, hvis noen. I FNAF Shooter-spillet bevæpner du deg med to pistoler samtidig og tar en titt på verkstedene. En overraskelse venter på deg: det viser seg at det er enda flere onde leker enn det var før fabrikken stengte. Hele denne tiden har de i hemmelighet etablert selvreproduksjon, og på hvert nivå vil animatronikk hoppe ut foran deg én etter én. Og du har bare tid til å skyte dem i FNAF Shooter.
