Fugletrekk er den årlige trekk av fugler til varmere strøk. Når høsten kommer, drar mange fuglearter sørover for å overleve den kalde vinteren. Ender er en av dem, og i spillet vil du hjelpe en and med å overvinne en vanskelig flytur. Men først må du velge en karakter fra heltene som presenteres i spillet: Pam, Mac, onkel Dan, Gwen og Dax. Enhver av dem vil adlyde din kontroll. Handlingen til Migration Flappy Duck er at fuglen din har falt bak flokken. Da alle slektningene hennes fløy bort, ble vingen hennes skadet, men nå har den grodd og du kan prøve å ta igjen flokken og fly sammen. Men først må du overvinne mange hindringer og slå kraftig med vingene uten pause i Migration Flappy Duck.
