Beboere i en liten by klaget konstant over at det bare var ett tog som gikk forbi stasjonen deres, de trengte et til, og ordføreren fikk et annet tog til å kjøre for dem i Train VS Train, men fra den dagen begynte problemene. Togene kunne ikke dele jernbaneskinnene og kolliderte stadig. Du må løse dette problemet, og på dusinvis av nivåer. Sett i gang togene til rett tid slik at de går sin vei og stopper uten å forstyrre hverandre. Hvis togene kolliderer. Du må spille av nivået på nytt. Det er viktig å velge riktig øyeblikk for å starte toget og da vil alt ordne seg og det vil ikke være noen ulykker i Train VS Train.
