En gelékarakter ved navn Misty legger ut på en reise gjennom en unik plattformverden i MystiCloned. Veien hans vil være interessant, men ganske vanskelig hvis du ikke hjelper ham med å overvinne hindringer. For dette vil helten trenge spesielle portaler. Ved å gå gjennom dem vil helten motta et visst antall kloner til disposisjon. De ser ut som helten, men er malt svarte. Hvis du vil at klonen skal stoppe på et bestemt sted, klikker du på den med museknappen og klonen blir blekrosa og forblir på plass. Dette vil være nødvendig når du trenger å fikse en knapp for å åpne døren. I fremtiden må du også bruke kloner på forskjellige måter for å overvinne ulike hindringer i MystiCloned.
