I den andre delen av spillet Pandemic 2 vil du fortsette oppdraget ditt for å ødelegge hele menneskeheten som en dødelig pandemi. Spillet begynner med at du velger type sykdom: virus, bakterier eller parasitt. Du vil da velge et utgangspunkt for infeksjonen. Derfra må du spre sykdommen din til resten av verden. Ved å spre seg rundt i verden kan du forbedre sykdommen din og gjøre den slik at folk ikke lider av den. Modifiser viruset ditt hele tiden slik at menneskeheten ikke kan komme opp med en kur mot det. Så gradvis vil du ødelegge hele befolkningen på planeten i spillet Pandemic 2
