I gamle tider hadde ikke mennesker en eneste gud; de trodde på forskjellige guder, som hver var ansvarlig for sin egen retning. Begivenhetene i Pyramid Puzzle-spillet finner sted i det gamle Egypt i løpet av den legendariske dronning Cleopatras tid. Hun ønsker å finne ut hvordan den nylig avdøde farao hadde spesielle evner og om den store guden Ra var involvert i dette. Dronningen sender sin trofaste hushjelp Hanna for å oppdage faraoens hemmeligheter, men for å gjøre dette må hun trenge inn i pyramiden og til og med besøke hemmelige rom, hvor inngangen er stengt for utenforstående. Hjelp jenta med å fullføre oppgaven. Dronningen venter på resultatene og vil være misfornøyd hvis de ikke er med i pyramidepuslespillet.
