Besetningene med kyr du har til disposisjon i Paint Cow er ikke lette. Kyrne har forskjellige farger på dem, men de liker det ikke. Derfor må du på hvert nivå sørge for at alle kyrne er like. For å gjøre dette, klikk på de uthevede flisene med kuhoder og endre gradvis de gjenværende dyrene til en annen farge til du oppnår at alle hodene har samme farge. Antall trinn for å fullføre en oppgave er begrenset. Spillet har femten typer felt med forskjellige størrelser og hver har opptil seksti nivåer i Paint Cow.