Flere prototyper ble laget i Matrix, og en av dem, nummer 09435, viste seg å være den mest suksessrike. Dette er en digital gutt som begynte å utvikle seg på en utrolig måte raskt og snart ønsket han å utforske omverdenen. Han fant en måte å forlate matrisen på og gikk på vei til Prototype Guy. Skaperne bestemte seg for ikke å forstyrre fyren, de ber deg hjelpe ham med å tilpasse seg, overvinne hindringer. Det er nødvendig å hoppe over skarpe pigger og firkantede roboter. Roboter kan forresten ødelegges ved å hoppe rett oppå dem. Hvis hindringen ikke overvinnes, vil helten starte på nytt i Prototype Guy.
