Når et virus angriper prøver organismer å takle det på egenhånd, men det er ikke alltid nok av dem, så du må hjelpe til med ulike medisiner eller vaksiner. I Kill the Virus-spillet vil du finne deg selv i prosessen og hjelpe den grå cellen med å bekjempe angrepene fra mange røde virus. De vil angripe fra alle kanter, og du vil trykke på den grå cellen slik at den skyter tilbake. Hver miss styrker viruset, det blir sterkere og vanskeligere å ødelegge. Cellen din har ti liv, ta vare på dem, når de går tom, vil cellen bli rammet av et virus i Kill the Virus.