Apokalypsen kan skje av ulike årsaker, i spillet Apocalypse Run vil du hjelpe helten som var i sentrum av apokalypsen som dukket opp som et resultat av maskinenes opprør. Kunstig intelligens, hvis utseende var så etterlengtet og så beundret for sin raske utvikling, bestemte at nå trenger den ikke folk. Dessuten er de til og med skadelige, fordi de gjør alt feil, oppfører seg ofte irrasjonelt, ødelegger miljøet og dreper sin egen type. En sterk tro har dannet seg i tankene til maskinen om at mennesket er det viktigste onde på planeten og må ødelegges. Dermed begynte den systematiske ødeleggelsen av menneskeheten, og helten fra Apocalypse Run ønsker å unngå dette, og du vil hjelpe ham med å kjempe mot robotene.
