Det ser ut til at for Batman burde flaggermus ha blitt venner, eller i det minste hjelpere, men dette vil ikke være tilfelle i Batman cool. Musene som skal angripe helten ble utsatt for skadelig stråling, som korrigerte deres små hjerner og gjorde venner til svorne fiender. Superhelten prøvde å fikse musene, men mislyktes. Han installerte en spesiell krystall som sendte ut bølger, men de fungerte ikke. Og i så fall kan den samme krystallen ødelegge forbitrede gnagere. Din oppgave i Batman cool er å rette skudd mot mål, og ødelegge mus på veien.
