På reise gjennom galaksen møter en forsker ved navn Tom stadig forskjellige eldgamle gjenstander. For at helten din skal komme til dem, må han løse forskjellige gåter. Du i spillet Puzzle Galaxies vil hjelpe ham med dette. Foran deg på skjermen vil du se et design som består av kuber. Hver av dem vil bli delt inn i et likt antall kvadratiske soner. I hver sone vil du se en ball av en bestemt farge. Ved å bruke kontrolltastene vil du rotere kubene rundt aksen i rommet. Din oppgave er å sette disse elementene slik at alle ballene er ordnet i en bestemt rekkefølge. Så snart du gjør dette, vil du få et visst antall poeng i Puzzle Galaxies-spillet, og du vil gå videre til neste nivå i spillet.
