Eksperimenter ble utført på hovedpersonen i Mutant Escape-spillet i et hemmelig laboratorium. Forskere hentet ut en mutant fra ham for militære behov. En gang glemte en av vaktene å lukke døren til cellen og helten vår klarte å komme seg ut. Nå vil han kunne rømme, og du vil hjelpe ham med dette. Ved hjelp av kontrolltastene vil du indikere i hvilken retning karakteren din må bevege seg. På veien må han samle ulike gjenstander og våpen. Vakter går rundt i laboratoriet som karakteren din må delta i kamp med. Ved å skyte nøyaktig vil du ødelegge motstanderne dine og for dette vil du få poeng i Mutant Escape-spillet. Du kan også plukke opp trofeer som kan falle ut av vaktene.
