Et selskap med morsomme pingviner bestemte seg for å arrangere en løpekonkurranse for å finne ut hvem av dem som er flinkest og raskest. Du i spillet Penguin Run 3D vil kunne delta i denne konkurransen. Før du på skjermen vil være synlig for veien som går i det fjerne. Karakteren din og andre pingviner vil stå på startstreken. På et signal fra solen vil de løpe fremover og gradvis øke farten. Se nøye på skjermen. Når du behersker pingvinen din, må du sørge for at han løper rundt ulike hindringer, og viktigst av alt, overtar rivalene sine. Ulike gjenstander spredt på veien kan hjelpe ham med dette. Ved å samle dem, kan karakteren din få ulike typer bonus-power-ups.