Landsbyen i Pixel Village Battle 3D var i en krigssone. Laget ditt må slå ut fienden derfra. Du spiller for de blå, så ikke ta på jagerflyene som det blå ikonet ruver over – dette er våpenkameratene dine. Røde er fiender, så snart du ser dem, skyt uten å vente på skudd i retur. Spillet er flerspiller, så antallet venner og fiender vil være vilkårlig, ettersom spillere vil dukke opp i spillet eller forlate spillet hvis noen ikke liker eller dreper karakteren hans. Bruk myntene du tjener til å oppgradere dine krefter, evner og utstyr i Pixel Village Battle 3D.