I pikselverdenen har det startet en krig mellom to nabostater. Du vil bli med i denne konfrontasjonen i spillet Pixel Gunner og hjelpe helten din å overleve og ødelegge så mange motstandere som mulig. Karakteren din vil være synlig på skjermen foran deg, som vil være i et bestemt område med et våpen i hendene. Motstanderne hans vil også være med. Du må bringe helten til en viss avstand til dem og deretter, etter å ha fanget fienden i siktet, åpne ild. Ved å skyte nøyaktig vil du ødelegge motstandere og få et visst antall poeng for dette i Pixel Gunner-spillet.