En Contra-jager fra en spesiell eliteenhet vil bli helten i spillet Metal Wings. Helten må møte utrolige motstandere - dette er monstre i forskjellige størrelser. De er sterke, smidige, har spesielle evner, men det er et passende våpen for alle, og det vil ikke skåne noen. Våpen kan forbedres eller endres til det som er best egnet i denne spesielle situasjonen. Soldaten har en viss erfaring, ellers ville ingen tatt ham til en elitetropp, men han er kanskje ikke nok, så din hjelp er så nødvendig. Fienden er for sterk, og siden disse ikke bare er dødelige, er det vanskelig å fastslå hvor hans svake punkter er. Bare i tre kamper vil dette bli klart i Metal Wings.
