Dypt inne i jungelen bor en gorilla ved navn Donkey som alltid hjelper vennene sine. En gang bestemte karakteren vår seg for å besøke sine fjerne slektninger som bor på den andre siden av jungelen. Du i spillet Super Donkey Kong 99 må hjelpe helten i dette eventyret. Karakteren din vil være synlig på skjermen foran deg, som under din veiledning vil bevege seg fremover langs stien og gradvis øke hastigheten. På veien må karakteren din samle bananer og gullmynter spredt over alt. Han vil også måtte overvinne ulike feller og hindringer som vil komme over på veien.
