I spillet Atom War vil du gå til verden der de minste partiklene lever, som vi kaller atomer. En krig har begynt i denne verden, og du vil ta del i den. Du vil se det røde atomet ditt på skjermen foran deg. Den vil ha en viss størrelse og et lite kraftfelt vil være synlig rundt den. Rundt atomet ditt vil andre partikler begynne å vises med en blå farge. Du må undersøke dem nøye og finne de som er mindre enn karakteren din i størrelse. Dette betyr at disse partiklene er svakere enn atomet ditt. Du må jage dem og deretter angripe. Ved å ødelegge det blå atomet vil du motta poeng, og karakteren din vil bli større og sterkere.
