I middelalderen fant harde kamper mellom skip sted mellom mange land på havet. Du i spillet Ships 3D deltar i disse kampene som kapteinen på skipet. Før du på skjermen vil være synlig for skipet ditt, som vil seile på havet. Basert på kartet må du se etter fiendtlige skip. Etter å ha funnet dem, vil du konvergere med dem på en viss avstand. Etter det, sikte på fiendens skip, åpne ild fra kanoner. Hvis synet ditt er nøyaktig, vil kjernene dine treffe fiendens skip, forårsake hull i dem, og de vil synke. For hvert ødelagt skip vil du få poeng i Ships 3D-spillet. Du vil også bli skutt på. Du må manøvrere skipet ditt for å gjøre det vanskeligere å treffe.