Basert på science fiction og filmer, skal kloner være nøyaktig som originalen og gjøre alt den gjør. Det er ikke lett å sjekke dette, for kloning har ikke blitt vanlig. Men i Clone Jumping-spillet vil du ha muligheten til samtidig å kontrollere to kubekarakterer, som visstnok er kloner av hverandre. Hvis den ene beveger seg, gjør den andre det samme. Dette vil være din viktigste hindring for å fullføre oppgavene på hvert nivå. Målet er å levere begge kubene til de runde portalene. Og husk at de kopierer hverandre nøyaktig i Clone Jumping.