Den mørke magikeren stjal geléskapningene og fengslet dem i slottet sitt. Karakteren din har bestemt seg for å redde kameratene sine. Du i spillet Jelly Jump Adventures in the Dungeons vil hjelpe ham i dette eventyret. Helten din må komme inn i fangehullet der han er fengslet for å samles. Når han er i dem, vil han gradvis begynne å bevege seg fremover. På sin vei vil komme over ulike hindringer og feller. Du må sørge for at helten din omgår alle disse farene. På veien må han samle ulike typer gjenstander og mynter spredt overalt. Det er spøkelser i fangehullene som vil jakte på helten din. Du må sørge for at helten din ødelegger dem alle. For å drepe hvert spøkelse vil du få poeng. Etter å ha funnet cellene med brødre, må helten din åpne dem og redde dem.