Vann eller annen væske, som følger tyngdeloven, vil strømme ned hvis den finner en vei ut for seg selv, til og med en liten sprekk. I Water Flow 3D må du la det flyte fritt for å fylle de firkantede beholderne under. Antall beholdere vil variere, men du må huske at du bare kan helle væske av tilsvarende farge i dem. For å gjøre dette, åpne klaffene i riktig rekkefølge. Noen ganger må væsker blandes, og glasspartisjoner må brytes med tunge kuler i Water Flow 3D. Det er mange nivåer og de er forskjellige når det gjelder å sette oppgaver.